臺灣集中保管結算所由董事長擔任對外代表，設總經理一人，秉承董事會決定之業務方針，綜理本公司業務；副總經理二至三人輔佐之。本公司設有業務部、金融業務部、基金暨國際部、股務部、資訊規劃部、金融資訊部、資訊作業部、數位暨資安部、企劃部、管理部及勞工安全室、稽核室、法遵暨法務室、財務室及內部查核室，另設置總稽核一人。
經營團隊
| 部門 | 職稱 | 姓名 |
|---|---|---|
| 首長 | 總經理 | 陳德鄉 |
| 首長 | 副總經理 | 景廣俐 |
| 首長 | 副總經理 | 張秀珍 |
| 首長 | 副總經理 | 陳光輝 |
| 內部查核室 | 總稽核 | 張紫薇 |
| 業務部 | 經理 | 王銘祥 |
| 金融業務部 | 經理 | 蕭元華 |
| 基金暨國際部 | 經理 | 汪明琇 |
| 股務部 | 經理 | 黃蓁蓁 |
| 資訊規劃部 | 經理 | 楊正豐 |
| 金融資訊部 | 經理 | 陳鳳中 |
| 資訊作業部 | 經理 | 吳力中 |
| 數位暨資安部 | 經理 | 王文政 |
| 企劃部 | 經理 | 許傳昌 |
| 管理部及勞工安全室 | 協理 | 陳少燕 |
| 稽核室 | 經理 | 陳子碇 |
| 法遵暨法務室 | 副經理 | 白蕙華 |
| 財務室 | 經理 | 林斯瑜 |